Levylaskentamenetelmällä voidaan kuitenkin mitata vain viljelykelpoisia mikro-organismeja, mikä usein aliarvioi maaperän todellisen mikro-organismien määrän, ja häiritseviä tekijöitä on monia, kuten maaperän suspensiossa olevat alkuperäiset bakteerit klusteroituvat yhteen tai kiinnittyneet maaperään. Pelleteillä levylle muodostuneiden pesäkkeiden lukumäärä on pienempi kuin todellinen pesäkkeiden lukumäärä; käytetyt kasvatusalustat tai viljelyolosuhteet ovat selektiivisiä, kaikkia mikro-organismeja on vaikea erottaa tasapuolisesti ja laimennus saattaa estää tiettyjä tyyppejä (lajeja). ) Mikro-organismit. Levypesäkkeiden laskennan tulosten kuvaamiseksi tarkemmin on nyt taipumus käyttää pesäkkeitä muodostavia yksiköitä ilmaisemaan mikro-organismien lukumäärä näytteessä.