Kahdessa ensimmäisessä tehtaalta lähetetyssä Fi-282:ssa käytettiin täysin suljettua ohjaamoa, joka sai myöhemmin numeron Fi-282A1; seuraavassa tuotantomallissa käytettiin puolisuljettua ohjaamoa; myöhemmin sille annettiin numero Fi-282B1.
Kesään 1943 mennessä noin 20 Fi-282:ta oli poissa kokoonpanolinjalta. Laivastolle toimitettuaan nämä koneet seurasivat laivastoa taistelemaan Välimeren, Egeanmeren ja Itämeren yli. Niitä ei käytetty vain sukellusveneiden vastaisina lentokoneina tarkkailemaan liittoutuneiden sukellusveneitä laivaston ympärillä, vaan myös kuljetushelikoptereina pystysuunnassa tarvittavien alusten toimittamiseen. Laivasto aikoo tällä perusteella kehittää myös paremman suorituskyvyn ja suuremman lentoonlähtöpainon omaavan Fi-339:n Saksan armeijalle, mutta toisen maailmansodan lopussa Saksan armeija ei ollut kovin kiinnostunut siitä, joten sitä ei ollut. seurantaan liittyvä kehitys. Koska Fi-282 voi kuljettaa vain yhtä kuljettajaa, se ei voi täyttää tykistötarkkailu- ja muita tehtäviä. Myöhemmin Flett asensi tilapäisesti tuolin moottoritilan taakse Fi-282B2:ta varten, jotta se voisi majoittaa tarkkailijan. Se pystyy suorittamaan tykistötulitustehtävän erittäin hyvin.
Vuonna 1944 Saksan armeija muodosti tykistökoulun ampumaryhmän, joka oli varustettu kolmella Fi-282:lla ja kolmella Fi-223:lla. Helmikuussa 1945 useita Fi-282:ita osallistui Pommerin Nian taisteluun, mutta tuolloin natsien armeija oli Neuvostoliiton puna-armeijan vastustaja. Fi-282:n osallistumisella sotaan ei ollut juurikaan vaikutusta. Jäljellä olevat Fi-282:t osallistuivat Berliinin puolustukseen, mutta lopulta ne kaikki uhrattiin Neuvostoliiton puna-armeijan ilmatorjuntatykistön alle.
Ennen toisen maailmansodan loppua saksalaiset tuhosivat suurimman osan FL282:sta, ja Yhdysvallat ja Neuvostoliitto vangitsivat vain 3 prototyyppiä.