První dva Fi-282 odeslané z továrny používaly plně uzavřený kokpit, který byl později označen jako Fi-282A1; další sériový model používal polouzavřený kokpit; později dostal číslo Fi-282B1.
Do léta 1943 sjelo z montážní linky asi 20 Fi-282. Poté, co byly dodány námořnictvu, tyto letouny následovaly flotilu do bojů nad Středozemním, Egejským a Baltským mořem. Byly používány nejen jako protiponorková letadla k pozorování spojeneckých ponorek kolem flotily, ale také jako transportní vrtulníky pro vertikální zásobování lodí. Flotila také na tomto základě plánuje pro německou armádu vyvinout Fi-339 s lepším výkonem a větší vzletovou hmotností, ale na konci druhé světové války o něj německá armáda neměla velký zájem, takže nebyl následný vývoj. Vzhledem k tomu, že Fi-282 může nést pouze jednoho řidiče, nemůže splnit potřeby dělostřeleckého pozorování a další úkoly. Později Flett dočasně nainstaloval židli za motorový prostor pro Fi-282B2, aby se tam mohl ubytovat pozorovatel. Bude schopen velmi dobře dokončit dělostřeleckou palbu.
V roce 1944 německá armáda vytvořila dělostřelecký školní střelecký tým, vybavený 3 Fi-282 a 3 Fi-223. V únoru 1945 se několik Fi-282 zúčastnilo Pomořanské bitvy o Niu, ale v té době byla nacistická armáda protivníkem sovětské Rudé armády. Účast Fi-282 ve válce neměla velký vliv. Zbývající Fi-282 hrály roli při obraně Berlína, ale nakonec byly všechny obětovány pod protiletadlovým dělostřelectvem sovětské Rudé armády.
Před koncem druhé světové války Němci zničili většinu FL282 a pouze 3 prototypy byly zajaty Spojenými státy a Sovětským svazem.