Въпреки това, методът за преброяване на плочата може да измерва само онези микроорганизми, които могат да се култивират, което често подценява действителния брой микроорганизми в почвата и има много фактори на смущение, като например първоначалните бактерии в почвената суспензия, групирани заедно или прикрепени към почвата. При пелетите броят на колониите, образувани върху блюдото, е по-нисък от действителния брой колонии; използваната среда или условия на култивиране са селективни, трудно е да се разграничат еднакво всички микроорганизми и разреждането може да инхибира определени типове (видове). ) Микроорганизми. За да се опишат по-точно резултатите от преброяването на колониите в плочата, сега е склонно да се използват единици, образуващи колонии, за да се изрази броят на микроорганизмите в пробата.
