Първите два Fi-282, изпратени от завода, използваха напълно затворена пилотска кабина, която по-късно беше номерирана като Fi-282A1; следващият сериен модел използва полузатворен кокпит; по-късно получава номер Fi-282B1.
До лятото на 1943 г. около 20 Fi-282 слизат от поточната линия. След като бяха доставени на ВМС, тези самолети последваха флота, за да се бият над Средиземно, Егейско и Балтийско море. Те са използвани не само като самолети за борба с подводници за наблюдение на съюзническите подводници около флота, но и като транспортни хеликоптери за осигуряване на вертикални доставки за корабите. Fleet също така планира да разработи Fi-339 с по-добра производителност и по-голямо излетно тегло за германската армия на тази база, но в края на Втората световна война германската армия нямаше голям интерес към него, така че нямаше последващо развитие. Тъй като Fi-282 може да носи само един водач, той не може да отговори на нуждите за артилерийско наблюдение и други задачи. По-късно Флет временно монтира стол зад двигателното отделение за Fi-282B2, за да може да побере наблюдател. Той ще може да изпълни много добре мисията за артилерийска стрелба.
През 1944 г. германската армия сформира артилерийска школа за стрелба, оборудвана с 3 Fi-282 и 3 Fi-223. През февруари 1945 г. няколко Fi-282 участват в Померанската битка при Ния, но по това време нацистката армия е противник на съветската Червена армия. Участието на Fi-282 във войната няма голям ефект. Останалите Fi-282 изиграха роля в отбраната на Берлин, но в крайна сметка всички бяха пожертвани под противовъздушната артилерия на съветската Червена армия.
Преди края на Втората световна война германците унищожават по-голямата част от FL282 и само 3 прототипа са заловени от САЩ и Съветския съюз.